Het verhaal in Persona Q gaat over een gerucht dat te ronde doet dat te maken heeft met het zogenaamde 'Seven Wonders of Yasogami High', een mysterieuze klokkentoren en een labyrinth dat uit het niets op de grond rondom de school verschijnt tijdens het Yasogami Culture Festival.

Volgens de geruchten zullen degene die de bel van de klokkentoren horen dood gaan. Het geluid van de bel word ook in Tartarus gehoort door de leden van SEES, welke vervolgens naar Yasogami High worden getransporteerd.

De enige manier om de wereld in zijn originele staat terug te brengen lijkt in Zen en Rei verstopt te zitten, maar beide hebben hun geheugen verloren.